Al geruime tijd bestaat de verdenking dat er een zogenaamde ‘operatie Catalonië’ bestaat. Deze bestaat uit ongereguleerde en buitenwettelijke politie acties tegen politieke tegenstanders, ondernomen door het ministerie van binnenlandse zaken, onder leiding van en met medeweten van de minister van dit ministerie en, met grote waarschijnlijkheid, met medeweten van de minister president en vicepresident. De acties worden uitgevoerd door een zogenaamde patriottische politie eenheid, in samenwerking met openbaar aanklagers en rechters. Enkele gevallen:
Eind September 2012 deed Artur Mas een laatste poging bij de president van Spanje, Rajoy, om betere financiële condities voor Catalonië te bewerkstelligen (pacte fiscal), geheel volgens zijn regeringsprogramma en verkiezingsbelofte. Toen dit uiteindelijk niet lukte, schreef hij nieuwe verkiezingen uit om een mandaat te krijgen voor het houden van een referendum over een onafhankelijk Catalonië. De eerste protestmars van de Catalanen over onafhankelijkheid had toen juist plaats gevonden. Daar deden ruim een miljoen mensen aan mee, tot grote verbazing van de organisatoren. Drie dagen voor de verkiezingen van het Catalaanse parlement in November 2012 verscheen een politierapport van de anti-corruptie eenheid (UDEF), zonder nadere identiteit van wie het rapport had opgesteld en zonder te zijn ondertekend, in de Spaanse krant El Mundo. Hierin werd beweerd dat Artur Mas miljoenen Euro’s op een Zwitserse bankrekening zou hebben staan. Dit schaadde de verkiezingsresultaten dusdanig, dat de partij van Mas nog wel de grootste was maar haar aantal zetels in het parlement slonk in plaats van dat het groeide, zoals was voorspelt in de enquête.
Kort voor het populair niet-bindende volksraadpleging van 9 November 2014 verscheen een vergelijkend rapport in de krant El Mundo dat de toenmalige burgermeester Xavier Trias, van dezelfde partij als president Artur Mas (CiU), 12 miljoen Euro op een Zwitserse bankrekening zou hebben staan. Trias verklaarde per direct dat dit een leugen was, verkreeg een schriftelijk bewijs van de bank hiervan en spande een gerechtelijke vervolging tegen El Mundo. Deze rechtszaak loopt nog steeds.
De Spaanse politie, in samenwerking met de ambassadeur van Spanje in Andorra, dwong op illegale wijze de Andorraanse bank BPA om het bankgeheim prijs te geven en financiële informatie van haar klanten te overhandigen, waaronder voormalig president Jordi Pujol. Alhoewel het bedrag veel kleiner was dan de Spaanse politie vermoedde, werd Pujol hierdoor gedwongen te bekennen dat hij geld in Andorra had. Ook eventuele illegale financiële relaties tussen de nieuw linkse Spaanse politieke partij Podemos, onder leiding van Pablo Iglesias, en het dictatoriale bewind van Nicolas Maduro in Venezuela werd met deze inbeslag genomen bankinformatie onder de loep genomen. Door zonder toestemming van het Andorraanse OM een bank in Andorra informatie van haar klanten ‘op te vragen’, trad de Spaanse politie op buiten haar jurisdictie en brak in op de Andorraanse soevereiniteit.
In de zomer 2016 werden gesprekken afgeluisterd en geregistreerd (door middel van een gehackte mobiele telefoon) tussen de voormalig minister van binnenlandse zaken, Jorge Fernandez Diaz, en toenmalig hoofd van het anti-corruptie bureau van Catalonië, Daniel de Alfonso. Deze gesprekken zijn toen (waarschijnlijk door een rebellerende politie) naar de pers doorgestuurd. In deze gesprekken is te horen dat Catalaanse politici die voor onafhankelijkheid zijn, en hun familie, actief worden vervolgd om te onderzoeken of zij ergens in het verleden iets onwettigs hebben gedaan. Dit gebeurd zonder dat enige aanleiding is voor een politieonderzoek, zoals wettelijk is vereist. De minister zegt in dit gesprek tegen het bureauhoofd: ‘Geef maar aan mij wat je hebt gevonden, dan geef ik het wel door aan de openbaar hoofdaanklager. Die maakt er wel wat van’. Of: ‘De minister president is op de hoogte. Maar, natuurlijk, het is beter dat zijn rechter hand niet weet wat de linker doet’. Ook is te horen dat de bevriende pers deze onderzoeken uitvoeren en soms met opzet laten lekken naar de krant. Van het bureauhoofd is te horen dat hij tegen de minister verklaard dat hij een Spaanse patriot is en dat voor hem de Spaanse eenheid boven alles staat (dus ook boven die van een democratische wens, zoals Catalaanse onafhankelijkheid) en dat ‘we het Catalaanse gezondheidssysteem hebben kunnen vernietigen’. Hij refereert hiermee naar de bezuinigingsmaatregelen van de Catalaanse regering die door de Spaanse overheid werd opgelegd. Het Catalaanse anti-corruptie bureau is ingesteld door en staat onder toezicht van het Catalaans parlement. Deze stelt ook het hoofd van dit bureau aan. Na publicatie van deze gesprekken werd Daniel de Alfonso door het Catalaans parlement daarom per direct uit zijn functie gezet. De ex-baas van het anti-corruptie bureau heeft nu zijn oude baan als rechter bij het Catalaans hooggerechtshof weer terug, geheel volgens de Spaanse rechten van een ambtenaar. Deze rechter, met aangetoonde anti-Catalaanse voorkeur, heeft hierdoor alsnog een goede positie om rebellerende politici te kunnen vervolgen. Fernandez Diaz bleef gewoon minister, ondanks dat zijn aftreden door de oppositie werd geëist.
Naar aanleiding van onderzoek door twee journalisten van de Madrileense Internetkrant El Publico is door het persagentschap Mediapro een documentaire gemaakt over, onder andere, ‘operatie Catalonië’ met als titel ‘Las cloacas de Interior’ (de riolen van het Binnenlandse zaken). Hierin worden enkele buitenwettelijke acties, uitgevoerd door de nationale politie, genoemd. Zoals het GAL schandaal onder de socialistische president Gonzalez begin jaren negentig, (waarbij ETA verdachten buitengerechtelijk werden geëxecuteerd), afluisterpraktijken binnen de partij PP wegens onderlinge rivaliteit, het afluisterschandaal tussen de Catalaanse PP leider en de ex-vrouw van de zoon van Jordi Pujol en bovengenoemde gevallen. Als getuigen treden op een ex-politiecommisaris, het hoofd van interne zaken bij de nationale politie, een sergeant van de Guardia Civil, de directeur van het detective bureau Método 3 (welke onlangs een boek over de corrupte praktijken publiceerde), de afgezette rechter Baltasar Garzón, een anonieme topambtenaar en enkele slachtoffers, zoals de ex-burgemeester van Barcelona en Pablo Iglesias van Podemos. De relaties tussen topambtenaren van de politie en de minister van binnenlandse zaken worden in deze documentaire in beeld gebracht. De strekking van de documentaire is dat belangrijke staatsonderdelen, zoals het ministerie van binnenlandse zaken, nooit zijn vernieuwd na het Franco regiem en zij hun illegale praktijken zijn blijven uitvoeren, met medeweten en onder leiding van haar ministers. Volgens één van de journalisten van El Publico die het onderzoek uitvoerden, Carlos E. Bayo: ‘In deze mafia werken rechters, openbaar aanklagers en de president van Spanje’. Er is in Spanje echter blijkbaar weinig interesse in de corrupte praktijken van haar overheid. Geen enkele publieke of privé omroep in Spanje heeft deze documentaire willen uitzenden. Alleen de Catalaanse televisie TV3 heeft de documentaire laten zien.
Momenteel wordt een parlementair onderzoek afgerond over ‘operatie Catalonië’. Vele getuigen die door de onderzoekscommissie bij herhaling zijn opgeroepen, zijn niet op komen dagen. Hieronder zijn de minister president van Spanje, Rajoy, de vice presidente, de voormalige en de huidige ministers van binnenlandse zaken, het hoofd van de nationale politie en de ambassadeur van Spanje in Andorra. Enkele Catalaanse partijen willen deze getuigen daarom nu voor de rechter slepen wegens minachting van het parlement.